Казаки поселились в междуречье Буга и Днепра в глубокой древности. С XIII века земли казаков формально находились в составе Крымского ханства. В конце XV века часть казаков ушла на север в пределы Литовской Украины. Там постепенно образовалась т.н. Гетманщина. За казаками Гетманщины сохранилось имя "запорожских", хотя они обитали гораздо выше днепровских порогов. Гетманщина интегрировалась в польско-литовское государство, был создан "реестр" казаков - постоянное казачье войско. В южной части казачьих земель в конце XVI века была образована независимая казачья Сечевая республика (низовые казаки). Запорожская Сечь входила во владения Крымского ханства, но реально татары не имели власти в Запорожье. Сечь существовала автономно под руководством выборного атамана. В XVII веке казаки, недовольные политикой польской короны, начали затяжную войну за независимость. В 1654 году Богдан Хмельницкий присоединил Гетманщину к Московскому государству. Низовые казаки не согласились с присоединением, и в 1775 году Сечь была разгромлена русскими войсками. Позже часть запорожцев ушла за пределы Московского государства, часть послужила основой для создания других казачьих войск (Кубанского, Кавказского).

Казаки использовали различные знамёна. Среди них было много "жалованных”.

Так, например:

• Император Священной Римской Империи Рудольф Габсбург в 1593 году даровал казакам золотое знамя с орлом. Знамя передал кошевому атаману Богдану Микошинскому посол Эрих Лесота;
• казаки имели знамя от австрийского императора Максимилиана I, сделанное "из кармазинового адамашку";
• польский король Стефан Баторий пожаловал казакам "клейноды": хоругвь, бунчук и булаву;
• в 1557 году отряд запорожцев Дмитрия Вишневецкого перешёл на службу к Ивану IV Грозному и получил от него знамя;

в 1632 году казаки получили от русского царя "знамя нарочитое из запасних знамен — послать то знамя Тулских Черкас, и Днепровских козаков голове Йвану Ворыпаю". Описание знамени: "Тафта веницейская, опушка червлена, всередине два клина желтых да один клин черен, на черном клину круг тафта червлена, тафты в нем два аршина б вершков..."

• В 1646 году польский король Владислав IV даровал казакам синее знамя с бело-красным орлом (подобная композиция на некоторых географических картах именовалась гербом Украины).
• в 1649 году от польского короля Яна Казимира казаки получили красное знамя с белым орлом, 2 русскими крестами и надписью "Ioannes Casimirus Rex Poloniae”;
• 31 июля 1651 года в Чигирине посол турецкого султана Чауш Осман-ага вручил Богдану Хмельницкому булаву, саблю, халат и знамя с изображением луны;
• В 1653 году московское посольство боярина В.В.Бутурлина вручило Хмельницкому знаки власти, в числе которых знамя со Спасом;
• Павел Алеппский писал, что в 1654 году видел у войска гетмана Хмельницкого "знамя христолюбивого воинственного гетмана Зиновия из черной и желтой материи полосами с водруженным на нем крестом”;
• в 1654 году Богдан Хмельницкий получил от русского царя Алексея Михайловича знамя с изображением Всемилостивейшего Спаса, Пресвятой Богородицы, Святых Антония и Феодосия Печерских и Святой Варвары (знамёна передал посланник Бутурлин в Переяславе);
• в 1665 году гетьману Брюховецкому от русского царя передано знамя "цвета середина тафта червлена, опушка тафты зеленая, по знамени круги тафта лазоревая".
• В 1706 году в Бендерах казакам Ивана Мазепы турецкий султан даровал сине-красную хоругвь, на красном поле полумесяц и звезда, на синем – "золотой крест Восточной церкви”.
• Пётр I даровал гетману Апостолу белое знамя с государственным гербом. Оно же использовалось при гетмане Разумовском;
• В 1762 году Екатерина II передала для атамана казаков новые клейноды: булаву, знамя, литавры, печать, пернач, значки и палицу. То же самое случалось при выборах каждого нового атамана. Известно, например, жёлтое знамя Запорожья;
• В 1763 году атаман П.Калнишевский за свой счёт изготовил синее знамя с изображениями Петра и Павла, церкви, двуглавого орла.

Вообще, к середине XVII века главным знаменем казачьей державы было красное с изображением Архангела Михаила. Большое знамя (хоругвь) Сечи описывалось так: на одной стороне на красном фоне Архангел Михаил, на другой – белый крест, золотые солнце, полумесяц и звезды.

Подобную расцветку знамени запорожцев некоторые исследователи склонны связывать с данью памяти казацкому вождю Дмитрию Байде-Вишневецкому, потомку турово-пинской ветви Рюриковичей (имевшему родовой герб схожей композиции).

Знамя с архангелом Михаилом появилось при Б.Хмельницком. Рассказывая об осаде Львова в 1655 году, современник писал: "Хмельницкий ехал как гетман... За ним несут новый червоный флаг, бунчук из конского белого хвоста, над ним на белой китайке вышит его герб: Абданк с крестом. Второй флаг украшен изображением Святого Михаила, поражающего змею"

Отдельные курени, полки, паланки также имели свои знамёна, при чём самых различных цветов и рисунков. Обычно знамёна несли религиозную символику.

Гетман Богдан Хмельницкий возил с собой кроме этого знамени ещё и белое со своим гербом "Абданк” (1655, Варшава, Львов).

"Абданк” - польский герб. В щите изображается фигура наподобие литеры "W”. Легенда говорит о происхождении герба следующее. В древности город Краков осаждал ужасный дракон. Сапожник Скуба сделал из телячьей шкуры чучело, набил его серой и воткнул горящий факел. Дракон проглотил чучело и обжёл внутренности. Чтобы охладиться чудище принялось пить воду из Вислы и пило пока не лопнуло. Князь Крак пожаловал Скубе герб с литерой W (Wawe) в память о Вавельском холме, где обосновался дракон.

Название герба связывают с одним из Скарбеков, которого король Болеслав Кривоустый отправил к германскому императору Генриху. Император показал послу свою сокровищницу. А Скарбек, не желая показаться бедным, не задумываясь, бросил в неё своё золотое кольцо. Император поблагодарил: "Habe dank”.

C cередины XVI века своеобразным гербом Запорожского казачества стал казак с мушкетом. Печать с таким изображением была пожалована польским королём Стефаном Баторием гетману в 1576 году. На знамёнах казак обычно изображался на жёлтом фоне, одежда казака – красного цвета.

Казак с мушкетом изображался как на главных полковых знаменах - хоругвях, так и на прапорах, сотенных хоругвях и значках. Ордер гетмана К.Разумовского от 18 сентября 1755 года регламентировал вид полковых и сотенных знамен. На одной стороне должен был размещаться казак с мушкетом, а на обороте полковой или сотенный герб. В 1758 году при изготовлении голубых сотенных знамен для Нежинского полка вместо сотенного герба (которого вероятно не было) были использованы литеры наименования сотни в декоративном обрамлении.

Для морских походов запорожцы использовали белую хоругвь со Святым Николаем.

В Государственном Эрмитаже в Санкт-Петербурге (Россия) хранится знамя Запорожского войска, представляющее собой красное полотнище, на лицевой стороне которого изображен двуглавый орел со звездами, "Спаситель, благословляющий казаков на брань, с семнадцатью звёздами кругом него" и "архангел Михаил с огненным мечом в правой руке". По кайме знамени - надпись: "Сие знамя в войско ея императорского величества низовое сделано коштом пехоты воюющей того же войска по Чёрном морю також по рекам Днепру и Дунаю". Под орлом трехмачтовый военный корабль.

В собрании Музея Армии в Стокгольме хранится знамя Богдана Хмельницкого. Как предполагают историки это знамя было утрачено казаками Хмельницкого в битве с поляками при Берестечке в 1651 году; во время оккупации шведами территории Польши (1655) казацкое знамя вероятно оказалось среди трофеев. Знамя представляет собой коричневое полотнище с откосом (по сохранившимся акварелям его первоначальный цвет - красно-оранжевый), в центре на белом фоне изображены золотые крест, шестиконечные звезды, серебряный полумесяц и литеры "Б.Х.Г.Е.К.МЛО.В.З." (Богдан Хмельницкий - гетман его королевской милости Войска Запорожского).